A Fundação MASC é dirigida por um Conselho de Administração, responsável por definir a orientação estratégica da plataforma, cuja implementação cabe à Equipa de Gestão, composta pelos responsáveis dos programas. Cada membro cumpre um mandato de cinco anos, renovável no seu termo. Presidido pelo Presidente do Conselho de Admnistração (PCA), o Conselho reúne-se trimestralmente para analisar relatórios financeiros e de actividades, aprovar o orçamento e os planos anuais de programas. O Conselho pode ser convocado a qualquer momento, sempre que a situação o exija. 

A Equipa de Gestão da Fundação MASC é composta pelo Director Executivo e Gestores de Fundos, Programas ou Projectos e Finanças e pelos responsáveis dos departamentos. Esta equipa reúne-se semanalmente para avaliar o progresso dos projectos em curso, analisar relatórios e encontrar soluções para novos desafios na sua implementação. Também participa na mobilização de recursos e na elaboração de propostas para obtenção de financiamentos. Cada departamento elabora o seu plano de actividades e orçamento anuais e implementa os respectivos projectos. O responsável de cada departamento é responsável pela elaboração e monitorização do Plano Individual de Desempenho (PID) da sua equipa, com o objectivo de apoiar o desenvolvimento profissional dos seus membros.